私人自建房修建了六层和一层地下室,并通过违法整治办理了6层的房屋产权证和土?

照城乡规划法相关规定：这样办理房产证事后纠纷多，你当地的违法整治办涉嫌滥用职权，这是典型的以罚代管问题。不动产登记有国家指定的房管所或不动产登记管理局。
给你提个醒。若违法整治办违法收取了相关“罚款”，你完全可以向当地政府纪检监察部门汇报